目的:  探讨良恶性胸腔积液中长链非编码RNA (long non-coding RNA，lncRNA) HOX转录反义RNA(HOX transcript antisense RNA，HOTAIR)和母系表达基因3 (materally expressed gene 3，MEG3)的表达及其临床意义。方法: 留取51例恶性胸腔积液患者及50例良性胸腔积液患者的胸腔积液标本，采用实时荧光定量PCR测定HOTAIR和MEG3相对表达水平。通过构建受试者工作特征(ROC)曲线评价这两个lncRNAs甄别良恶性胸腔积液的效能，并与癌胚抗原测定结果比较。结果：  恶性胸腔积液中HOTAIR表达水平明显高于良性胸腔积液(t=3.928，P<0.05)，MEG3表达水平明显低于良性胸腔积液( t=5.515，P<0.05)。HOTAIR和MEG3诊断恶性胸液的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.863(95%CI：0.780~0.946)和0.853(95%CI：0.766~0.940)，与癌胚抗原AUC(0.850，95%CI：0.764~ 0.936)相近。HOTAIR和MEG3诊断恶性胸腔积液的敏感性分别为85.8%和87.9%，特异性分别为84.1%和88.1%，略高于癌胚抗原的敏感性(74.0%)和特异性(80.2%)。联合检测胸腔积液中HOTAIR、MEG3和癌胚抗原可进一步提高诊断恶性胸腔积液的敏感性(90.0%)和特异性(93.1%)。结论： 良恶性胸腔积液中HOTAIR和MEG3表达有差异，两者检测对胸腔积液的鉴别诊断有一定临床价值。